AI 也會抄捷徑,醫學研究發現深度學習演算法缺陷
作者 Alan Chen | 發布日期 2021 年 07 月 27 日 19:37 |
人工智慧在現今癌症治療上,具有相當大的幫助,透過深度學習,系統可以快速分析腫瘤切片影像,提供醫生有關癌症類型和治療建議等重要資訊,但美國芝加哥大學研究團隊發現,如果深度學習演算法沒有適當調整,AI 會做出偏頗的病理分析。
芝加哥大學(University of Chicago)研究團隊,在本月的《自然-通訊》(Nature Communication)期刊中發表研究指出,透過醫療影像學習的過程中,若沒有對演算法進行特別校正,AI 就會以資料上傳的地區、醫學機構等資訊自行歸類,並使用歸類資料進行比對分析,產生病理資訊和治療建議,但以這種方式而不是透過比較嚴謹的生理和病史資訊進行分析, AI 容易產生偏頗或不正確的分析和治療建議。
研究團隊在實驗中,讓 AI 系統透過美國國家癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)與國家人類基因組研究所(National Human Genome Research Institute, NHGRI),共同合作的「癌症基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas, TCGA)」資料庫內,大量的癌症組織切片影像進行深度學習,發現了 AI 這種透過演算法習性,產生偏頗判斷的問題。
「我們在這項研究中發現了 AI 的盲點,由於需要快速分析,因此演算法會合理的認為使用機構和區域分類,可以更有效歸類檔案,提高學習分析的效率。」芝加哥大學醫學系 Alexander Pearson 博士指出,但 AI 用這種歸類方式學習大量影像後,卻會開始忽略病患個人的生理數據和病史資料,改以上傳機構和地區之間的影像互相比對。
如此一來,醫療軟硬體條件較好,或比較富裕區域內的病患切片樣本,由於通常有比較多治療選項,治癒機率也較高,因此 AI 容易對這些區域的樣本提出比較樂觀的病理分析和治療方式,但是對於條件較差的機構或區域,產生的分析與建議就會比較差,等於將社會醫療資源的不平等反射出來。
研究團隊也表示,要避免出現這種盲點,系統開發者在訓練 AI 學習時,必須確保各種類型的腫瘤切片影像,是平均來自各個地區與機構上傳的資料,或是在學習過程出現判斷偏頗時,將影像樣本鎖定在一個特定條件,避免 AI 自行產生歸類和比對分析的習慣,才能產生比較準確的分析結果。
要如何避免 AI 出現「偷吃步」的情形,對於現代醫學越來越仰賴 AI 進行分析的狀況下,顯得格外重要,若是因為 AI 產生不準確的病理分析,導致醫生判斷失準,原本用來幫助人類健康的科技反而會成為病患生命的一大威脅。
附圖:▲主導研究團隊的芝加哥大學醫學系 Alexander Pearson 博士。(Source:University of Chicago)
▲AI 在面對大量資料時也會嘗試簡化歸類程序,產生盲點。(Source:BDAN)
資料來源:https://technews.tw/2021/07/27/university-of-chicago-team-found-out-machine-learning-flaw-that-will-produce-biased-medical-analysis/
tcga分析 在 國家衛生研究院-論壇 Facebook 的精選貼文
【研究指出「癌症的年輕化」,與「肥胖」有密切的關係:肥胖會影響生物體對各種癌症的腫瘤免疫力】
肥胖是現代人最常見的文明病,除了會增加心腦血管疾病、代謝疾病風險,也被認為與癌症有關。國際權威期刊《Cell》近期一篇研究指出[1],肥胖動物體內的癌細胞,更容易在與免疫細胞爭奪能量的過程中佔上風,進而使免疫細胞的毒殺T細胞活性下降,導致癌腫瘤生長速度加快。
哈佛大學HMS Blavatnik研究所細胞生物學教授Marcia Haigis表示,從小鼠實驗中發現,處在肥胖環境中的癌細胞,會根據微環境中的脂肪量調節新陳代謝,使其更易從脂肪分子中獲取能量。
與一般正常飲食相比,高脂肪飲食下的腫瘤生長得更快速。該研究認為,肥胖會影響生物體對各種癌症的腫瘤免疫力,將是未來改善免疫治療、組合治療對癌症效果的線索。
■肥胖增加癌症發生率,子宮內膜癌食道癌最典型
「新光吳火獅紀念醫院」腫瘤治療科主任季匡華醫師受訪表示,肥胖確實會增加癌症風險,有幾種癌別與肥胖關係較密切,以女性子宮內膜癌最典型。
此外,食道腺癌或稱為賁門癌者,與慢性胃酸逆流有關係,而肥胖是增加胃酸逆流的重要因素。總體而言,肥胖影響肝癌、腎癌、胰臟癌、大腸癌、乳癌的發生率,平均約增加近1.5倍至2倍風險,也會增加癌症死亡率。
季匡華醫師指出,造成肥胖的一大原因,與不健康的飲食有關,例如長期攝取高溫烹調的紅肉或牛油類油脂,這些不健康的飲食方式,會促進體內發炎、增加肥胖風險與癌症發生率。
■肥胖恐增心腦血管病變,男女皆應控制腰圍
肥胖對健康的傷害遠不只限於癌症,也與糖尿病、心血管疾病、高血壓、腦中風等疾病有關。
國健署建議,男性腰圍≧90公分、女性腰圍≧80公分,已屬於「腹部肥胖」,平日應注意飲食、運動、體重控制,必要時諮詢醫療健康照護人員[2]。
■肥胖環境會抑制T細胞功能,讓癌細胞搶走身體養分
「人體免疫是抗癌最大的工具之一,其中免疫細胞(如T細胞)更是主力部隊。像是近年來熱門的CAR-T療法,就是從患者體內取出免疫細胞後,改造成可攻擊特定癌細胞的免疫細胞,再將這些免疫細胞注射回患者體內治療疾病。」陽明生化所博士張薏雯分析,如果體內的免疫細胞數量、活性不足,就無法牽制腫瘤細胞的發展。
張薏雯指出,小鼠實驗中發現這些肥胖小鼠的腫瘤長得快,不只是因為腫瘤細胞有源源不絕的養分,而是肥胖的環境會幫助腫瘤細胞打壓體內的T細胞。以白話來說「壞人(癌細胞)得到充足的資源,好人(T細胞)卻越來愈虛弱,這兩方面的影響,導致體內的癌細胞越長越快。」
高熱量環境中的癌細胞對脂肪酸的攝入明顯增加了,這極有可能影響到T細胞對脂質的攝取。也就是說,在高熱量條件下,物質極大豐富,癌細胞立刻適應了富裕的生活,大肆吃喝,結果很可能搞得T細胞沒得吃了!
張薏雯博士解釋,這項研究非常特別的發現是,肥胖帶來的影響並不只是直接促進腫瘤的生長,而是抑制了免疫的功能。這些腫瘤周圍的免疫T細胞數量不僅少,活化的程度也較低,自然無法幫助身體消滅癌細胞[3]。
■健康體位關鍵密碼:「BMI 1824」僅17.6%民眾知道如何正確計算BMI
BMI為簡易又省錢的體位判定標準,世界衛生組織(WHO)指出以身高與體重計算出的身體質量指數(Body Mass Index,簡稱BMI) 是最常用於評估體位的一項簡易測量指標,並建議以BMI來界定體重過輕、健康體重、體重過重或是肥胖。
研究顯示,「體重過重」或是「肥胖」(BMI數值過高)的人,罹患疾病的風險與死亡率比健康體重的人要高。近年,國民健康局積極宣導如何正確計算BMI,就是希望讓民眾可以簡易地評估自己的體位,降低罹患疾病的風險。
➨如何計算BMI?它的算法是:體重(公斤)/(身高x身高)(公尺x公尺)。
例如:一個52公斤的人,如果身高155公分,則他的BMI為52/(1.55x1.55)=21.6。BMI的好處是和身高一起考量,而非只看重體重。
➨如何判讀BMI?健康體位關鍵密碼:「BMI 1824」
▶體重過輕:BMI<18.5
▶正常範圍:18.5≦BMI<24
▶異常範圍:過重24≦BMI<27
▶▶輕度肥胖27≦BMI<30
▶▶中度肥胖30≦BMI<35
▶▶重度肥胖BMI≧35
➨量量你的腰圍
雖然BMI介於正常範圍內,但如果:
▶男性腰圍≧90公分(約35.5吋)
▶女性腰圍≧80公分(約31.6吋)
也算是肥胖[4]。
張薏雯建議第一步還是先控制自己的體重。「從癌症基因組圖譜(TCGA)數據庫中獲得的數據集顯示,BMI在30以上的肥胖患者中,T細胞浸潤顯著減少的情況更嚴重。」張薏雯建議,將體重控制在正常範圍內,不僅有利於抗癌,對於慢性疾病的控制也有較好的效果。[3]
■如何對抗肥胖這個新興的危機
美國臨床腫瘤學會針對肥胖這個新興的危機,提供腫瘤臨床工作者一個指引[5],其開宗明義說,並不是要讓每個腫瘤科醫師成為體重控制專家,而是期望腫瘤科醫師在治療的過程中,能幫助病人理解肥胖與癌症的關連,並引導病人往正確的方向努力。
以下三個步驟,為腫瘤科醫師必備的基本能力:
▶第一
能夠利用BMI來評估(assess)一個病人是否過重或肥胖,並告知病人這個問題。
▶第二
若確定病人為過重或肥胖,則建議(advise)他藉由增加身體活動、減少卡路里攝取等健康生活型態,當然並不是要腫瘤科醫師花很多時間,甚至是建立一個詳細的計畫,只要向病人提出這樣的概念即可。
▶最後
腫瘤科醫師必須要在適當的時間轉介(refer)病人到專家處做進一步諮詢。[6]
年輕人罹患癌症的案例越來越多,這種原本我們以為是40歲以後才需要擔心的疾病,現在似乎有漸漸年輕化的趨勢。這也成了許多科研團隊研究的議題,近期,一項發表在國際期刊《The Lancet Public Health》的研究指出,癌症的年輕化,與「肥胖」有密切的關係[7]。
■我們如何達到減少過重或肥胖的目標呢?
▶以個人的層次來看,可以減少攝入脂肪和糖,限制熱量的攝取;增加蔬果、豆科食物、堅果穀物等的攝取;規律的運動(成人每週需達150分鐘)。
▶但是以社會的層次來看,除了需要政府與相關社會團體的支持,社會也必須提供可獲得、可負擔或可近性的運動環境與健康食物選擇。藉由個人與整個社會的配合,減重、健康的生活將不是夢![6]
【Reference】
1. 來源
➤➤資料
∎[1]
Baker, Gregory & Gassaway, Brandon. (2020). Obesity Shapes Metabolism in the Tumor Microenvironment to Suppress Anti-Tumor Immunity. Cell. 10.1016/j.cell.2020.11.009.
∎[2]
(今健康) 肥胖不只致癌?研究:腫瘤搶脂肪當燃料、免疫細胞變殘廢:https://bit.ly/2O0eZNq
∎[3]
(Heho健康)胖子的癌細胞會和免疫細胞搶養分!《Cell》:抑制T細胞功能讓腫瘤長更快
https://bit.ly/3sDP2lO
∎[4]
(衛生福利部-國民健康署)健康體位關鍵密碼 BMI 1824 僅17.6%民眾知道如何正確計算BMI:https://bit.ly/3rv3Lhz
∎[5]
Obesity & Cancer | ASCO
https://bit.ly/2Ob2KOk
肥胖與癌症:腫瘤學提供者指南(Obesity and Cancer: A Guide for Oncology Providers)
https://bit.ly/31xveoy
∎[6]
(乳癌防治基金會) 「肥胖與癌症」:https://bit.ly/3tZpHmG
∎[7]
(Heho健康) 「癌症年輕化 20年權威數據:跟「它」關係最大!」:https://bit.ly/3we2LSS
➤➤照片
∎發現得癌症的年輕人愈來愈多,為什麼?:https://bit.ly/2PGtXIO
∎[2]
肥胖增加癌症發生率-子宮內膜癌、食道癌最典型
∎(蘋果新聞網)哈佛研究指高脂飲食會餓死免疫細胞 激活腫瘤生長:https://bit.ly/2PHfWLe
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【文摘 / 醫療廣角鏡】原住民的基因是全球頂級商品
鄭春鴻於8/21日投書民報,跟我們分享了近年來基因庫商機崛起後,原住民族基因炙手可熱的各種前因,並且精準的將矛頭指向眾多財團與政府大型計劃裡,缺少包容性與公平性的利益共享模型。
到底原住民的基因主權該如何爭取?是被當成動物、還是能夠與全球科學研究一起共享研究成果與獲利?我們來看看以下的文章怎麼說。
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當今醫學治療大多是針對「標準化病人」設計,同一個病,用同一個治療準則,甚至同一藥物。這種「標準治療策略」雖然在許多病人身上曾經很成功,但對某些病人卻無法奏效,因為這樣的「概全性治療」忽視了病人的個體差異和疾病的異質性。而「精準醫學」(Precision Medicine)就是在針對病人體質差異和疾病的異質性的特殊考量下,所訂定出來的疾病預防和治療策略。舉例來說,罹患同一種癌症,即使又是同一期別的病人,但不一定吃同一種標靶藥;而必須進行基因檢測,分辨其基因表現的異質性,再來進行不同的治療。
人類基因數據,已成為全球「頂級商品」
很早就有人喊出「二十一世紀是精準醫學的世紀」。而這些精準醫學科技發展必須仰賴於:(1)大規模生物數據資料庫(例如 human genome sequence, TCGA database);(2)可以獲得生物資料的科技 (例如: 基因微陣列、大規模平行DNA定序、蛋白質體學、甚至行動醫療裝置科技等等 );以及(3)可以分析大量數據的電腦工具,目前台灣的中央研究院分子生物研究所就有這個能力。
近年來,原始數據,包括從人類基因組獲得的序列數據,已成為全球「頂級商品」。這種轉變是如此新奇,以至於專家們仍在評估這種數據在全球市場上的價值。2018年,直接面向消費者的基因檢測公司23andMe就以3億美元的價格將其包含約500萬人的數位序列數據資料庫的查找權出售給了全球三大藥廠之一的葛蘭素史克藥廠(GlaxoSmithKline)。今年稍早,23andMe又與西班牙製藥公司Almirall合作,Almirall正在利用這些數據開發用於自身免疫性疾病的新型抗炎藥,這是23andMe首次簽署用於開發藥物的一項許可協議。
原住民的血液和基因數據可以換鑽石
我們一家都是「人」,但是每個人都是上帝獨一無二的作品。人與人之間,族裔與族裔之間,都存在其獨特性、異質性。
來自加利福尼亞大學聖地亞哥分校的人類學系,全球衛生計劃和原住民實驗室的凱魯·福克斯 (Keolu Fox) 博士,7月30日在新英格蘭學期刊(NEJM)最新發表的〈包容的錯覺—「我們所有人」研究計劃與原住民的DNA〉(The Illusion of Inclusion — The「All of Us」Research Program and Indigenous Peoples’ DNA) 指出,在非洲南部的內陸國博茨瓦納(Republic of Botswana)經營的盧卡拉鑽石公司(Lucara Diamond Corporation)最近開始將所有零售額的5%分配給基於社群的利益者共享。結果,博茨瓦納政府開始使用鑽石特許權使用費來做為基礎設施、醫療保健和教育計劃提供資金。可見原住民的血液和基因數據,理當可以成為「利益共享者」來「兌換鑽石」,在藥品開發的商業機制裡,這絕對是公平的。事實上,製藥行業諸如Variant Bio之類的初創公司正在探索長期利益的共享模型,在這種模型下,將使用集體利益模型,來共享使用特定於社群的基因數據開發的藥物,並給予特許權及使用費。
凱魯·福克斯博士研究指出,涉及人類遺傳變異的大規模研究中,諸如Geisinger Health System,Regeneron Pharmaceuticals,AncestryDNA和23andMe之類的公司已經成為最強的基因數據庫。為了推動該領域的發展,涉及從血樣、問卷、認知調查和其它對參與者進行的測試中,收集精確的測量值。但是這些方法對於參與者來說是「昂貴的」,並且在生理和精神上都是沉重的負擔。但顯然地,科學家可以從這些數據發現全球罕見但本地常見的特定人群的生理變異。
原住民基因組成是未經探索的「變異寶庫」
世界許多原住民人口在地理上已經隔離了幾萬年。隨著時間的流逝,這些種群已經適應了他們的環境,從而在其基因組中留下了特定的「變異特徵」。因此,原住民民族的基因組成為了未經探索的「變異寶庫」。這些變異會被諸如美國國立衛生研究院(NIH)的「All of Us」研究計劃識別出來。美國國立衛生研究院的領導人雖然已承諾,該計劃的參與者中至少50%應該是代表性不足的少數族裔的成員,包括美國原住民社群(美國原住民,阿拉斯加原住民和夏威夷原住民),明確地將多樣性與該計劃的目標聯繫在一起,以促進平等享受精確醫學的未來利益。但是我們有理由相信這一承諾可能是一種幻想,開空頭支票而已。
原住民DNA數據早就被商品化
凱魯·福克斯博士說,先前的政府曾資助的大規模人類基因組測序工作,例如人類基因組多樣性項目、「國際人類基因組單體型圖計劃」(簡稱HapMap計劃),都提供了修改開放源數據的方法的範例。HapMap項目和1000基因組項目描述人類遺傳變異的常見模式,用於查找影響健康、疾病的遺傳變體和反應藥物和環境因素的影響。 該計劃產生的數據對於研究是「免費提供」的,可以不受限制地、開放地查找有關特定人群的生物標誌數據,最終卻使製藥和血統檢測公司產生了價值近10億美元的利潤,但完全沒有分給受測者一分錢。如果「All of Us」計劃使用相同地採不受限制的數據偵測和共享協議,那麼將沒有內置機制可以防止原住民DNA被商品化。
製藥公司的科學家們發現B4GALT1基因突變與居住在美國加拿大的原住民艾美許人(Amish)族裔的膽固醇水平較低和纖維蛋白原水平較低相關,這一發現可能會產生新型的膽固醇藥物。
非洲血統中鑑定出的基因確可開發新藥物療法
作為藥物開發工作的一部分,許多族裔參加了有關人類遺傳變異的大規模研究。例如,Vertex Pharmaceuticals的下一代囊性纖維化雞尾酒Trikafta(elexacaftor / tezacaftor / ivacaftor和ivacaftor)是利用囊性纖維化患者的數字序列數據和囊狀纖維化症基金會(Cystic Fibrosis Foundation)的資金開發的。在非洲血統中鑑定出的基因座導致了PCSK9抑製劑的開發。最近,美國製藥公司Regeneron(生元製藥,Regeneron Pharmaceuticals, Inc.)的科學家們發現B4GALT1基因突變與居住在美國加拿大的原住民艾美許人(Amish)族裔的膽固醇水平較低和纖維蛋白原水平較低相關,這一發現可能會產生新型的膽固醇藥物。艾美許人是很獨特的族裔,它們是基督新教重洗派門諾會中的一個信徒分支,以拒絕汽車及電力等現代設施,過著簡樸的生活而聞名。
儘管這些研究的參與者可能會從新療法的開發中受益,但尚不清楚是否使用從這些人群的研究中獲得的數據開發的任何藥物給予它們甚麼補貼、特許權使用費或知識產權。而且,這類新藥物的價格常常使被研究人群中的大多數病人難以承受的。例如,Vertex的囊性纖維化藥物每年定價超過30萬美元。科學倫理上規定,在進行人類受試者研究的通用規則明確指出:「不應對無法從結果中受益的人群進行研究」,上述結果,新療法使受測者無法負擔藥價,這當然違反了該項原則。
藥廠科學家吃香喝辣,原住民分不到一杯羹
原住民理所當然地會擔心從他們基因組研究獲得的藥物被商品化的趨勢,因此,他們有時不願參加基因組研究。所有的科研調查人員都有興趣從本地人群中招募參與者,但鑑於涉及原住民民族的遺傳研究歷史悠久,包括印第安人保護區是美國印地安原住民Havasupai人起訴亞利桑那州立大學的案例,在該案例中,部落成功起訴大學以不當方式使用其成員的血液樣本。也因此印第安人保護區會繼續對參加NIH的最新研究保持警惕,也是理所當然的。總不能藥廠科學家拿了印第安人的基因發明藥物賺了大錢吃香喝辣,原住民或少數民族被當成「動物」研究,卻分不到一杯羹。
數據和政策的商品化允許不受限制地使用數據,從而擴展了族群被邊緣化的歷史,並剝奪了原住民就如何以及在何種情況下,可以使用自己的生理數據做出決策的權利。如果「All of Us」的調查人員都想招募原住民社群成員,就應該將原住民納入有關數據進行測試、數據使用和知識產權的政策制定中。提倡「原住民基因數據主權」這一新概念的倡導者,呼籲原住民更多地參與數據和生物樣品的管理,並呼籲使用定義樣品使用權的數位工具,以提高使用過程中的透明度和完整性,也就是隨時可查考誰用了這些數據。
將平台的收益分配給共享其DNA進行研究的人們
促進向「公平利益共享」標準化邁進的一種方法是,確保原住民擁有來自原住民的數據的控制權,現已經使用了兩種方法來實現此控制:個人利益模型(也稱為股東模型,涉及股票的部分所有權)和集體利益模型(涉及社群信任)。LunaDNA是社群所有權的生物醫學研究平台,也是部分所有權模型的一個範例。這家公益公司將平台的收益分配給共享其DNA進行研究的人們。可以與NIH和製藥公司合作建立社群信託,不僅可以提供對藥品的補貼,而且可以對參與基因組研究的社群進行再投資。事實上,在多個行業中,存在基於社群合作夥伴的利益共享的先例。2019年11月,南非政府宣布根據《名古屋議定書》,南部非洲的科伊桑人(Khoi-San)將分享豐厚的利潤。
預防醫學的未來必須兼具公平和包容性
當我們繪製預測和預防醫學的未來的地圖時,公平和包容性應引導著美國的創新軌跡。正如礦採業一樣,當我們想要在某地挖取石油,總會先探勘什麼環境可持續性取得利益一樣:同樣地,當數據是有爭議的可商品化資源時,我們也要提出問題:什麼是社會和文化可持續性?誰可以取得基因數位序列數據?依賴共享寶貴數據集的伙伴關係會是怎樣?應如何分享利益?以及我們如何以尊重各族裔的貢獻並鼓勵對被邊緣化群體的投資和能力,用來建設開發藥品,同時仍然為藥品開發和商業研究與發展提供激勵?
「All of Us計劃」的成功將取決於回答這些問題。隨著新技術在人類驅動療法領域的融合,利用人類遺傳變異研究數據開發貴重藥物的機會將成倍增加。在這一領域將需要進行公平的創新,以確保真正實現「All of Us」的利益。
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