《qPCR檢測的私隱問題》
PCR是複製DNA的方法,過程需要稱為「引物」(primer)的物質。簡單說,引物是一個引子,包含了指定序列,你可以當是Microsoft Word裡的Find功能,一般是有一對,簡稱F和R,分別代表從何開始,從何結束。PCR,就是由起始引子相應的序列,複製到結束引子相應的序列。打個比方,起始引子是「我們在天上的父」,結束引子是「直到永遠,阿門。」,PCR就會把整段《主禱文》複製出來。
檢測武漢病毒的qPCR,一般進行兩到三組,各有一對primer,分別對應武漢病毒的不同基因。理論上,如果這Find功能找到了武漢病毒的基因,就會將其複製倍化,過程發出螢光訊號。觀察螢光,就可以估計有否倍化。而為了確保樣本有人類基因以及PCR過程順利,以減低假陰性機會,最理想是同時用對應人類基因的primer,因為理論上如果樣本沒問題,一定會有人類基因。(這又稱作內部對照組/internal control)
實驗設計上,這是非常合理的。然而從私隱層面上,政府或公司有權倍化人類的基因嗎?本來的primer設計,是從你的電腦文件中複製《主禱文》,但只要將primer換成「全澳門最大」和「上線啦」,就可以複製出《賭場廣告》,便知道你有沒有看AV了。誰授權政府,可以用這primer,不可以用那primer呢?
用特定primer組合來找出器官匹配度相關資訊,這種隨便想都能想到的方法,當然有人做了,而且廿幾年前已經做了。這說明單單用檢測武漢病毒同樣的檢測平台,足以找出你各樣基因資訊。
當然,現在有更多更先進的方法,不用靠PCR。我們系統性地交出人類樣本,中間有什麼人處理,拿來做過什麼實驗,更無人知曉。
然而,政府並無公開他們用什麼primer組合,什麼實驗設計,什麼準則判定陽性,更遑論樣本的處理過程(之前就發生了公司交叉感染樣本的情況。)。另邊廂,我們也從不討論這技術必然會引伸的私隱問題。
很多本業就是做人類基因定序的公司,得了這麼大量的人類樣本,難道不會偷偷看一眼?難道陳冠希叫你幫他修電腦,你不會看一眼?
(用PCR找出你器官匹配度的方法:
https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-62703-493-7_8)
pcr引子 在 宜蘭縣議會議員陳文昌服務處 Facebook 的最佳解答
事實上,台灣是全球自行開發出檢驗方式的前段班。目前各國使用的檢驗方式皆為RT-PCR,中國1月10日公布病毒基因序列,德國率先於16日發表開發出新型冠狀病毒檢驗試劑,被世界衛生組織(WHO)建議採用。但其實,我國疾管署國家級實驗室也在13日就依病毒基因序列,設計出專一性的引子與探針,並測試成功,檢驗時程可由1天縮短至4小時。
pcr引子 在 IEObserve 國際經濟觀察 Facebook 的最佳貼文
學術界翻牆的重要性不言而喻
今天林口長庚檢驗醫學部的晨會針對武漢肺炎討論許久,相對於2003年時面對SARS的工具非常有限,如今的技術進步許多,一個多月能取得病原菌的基因定序,五天內取得完整的病毒株品系分析和具特異性的RT-PCR引子設計序列,預計幾天內林長科內也能在疾病管制局的分配下取得分子檢驗相關的試劑。
這次對於武漢肺炎背後致病病毒辨識速度很快,來自於參與的科學家及研究人員很願意分享,基本上這次病毒的序列探索和檢測工具是一系列在社交軟體上串連的合作,非常不可思議!
一開始是由上海復旦大學張永振教授和澳洲西尼大學的Edward Holmes教授在Twitter上貼出其上傳序列的網址,底下開始討論起這隻病毒的核酸序列,緊接者Open Science Prize獎得主Nextstrain的團隊分享其針對這隻病毒序列的親緣分析,看出其跟SARS病毒株都在beta-cov lineage上,但不相同,緊接者德國柏林病毒學家Victor Max Corman發表其針對這序列所設計的RT-PCR引子,不久就被WHO納入作為實驗室檢驗這支新型冠狀病毒的指引,這風氣其實就是生物資訊領域們的同好因擁抱開放所能享有的價值,在這次的病毒爆發事件中扮演重要的角色!
雖然手上的檢驗工具因科技進步很快取得,但良好的防疫策略和病毒特性也相當重要,相信接下來的過年的人口大遷移將是會一個挑戰!
其實每年這個時候都是感冒流行期,而俗稱的感冒(Common cold),通常會有上呼吸道的癥狀包括流鼻涕(Rhinorrhea)、鼻塞(Nasal obstruction),伴隨者喉嚨痛(Sore throat)、打噴嚏(Sneezing)和咳嗽(Cough),這算是人類最常見的疾病,而大概2/3到3/4都是因病毒感染造成的,絕大多數感冒都是不致命的,就是具有自限性,但在免疫力低下的族群則會有比較嚴重的影響,所以如何控制住病毒的傳播就變成防疫重要的要點。
這群病毒的種類其實非常多,而這次武漢肺炎的病毒則是屬於冠狀病毒,此類病毒在2003 SARS風暴以前是沒什麼關注的,仔細來說,冠狀病毒Coronavirus由所謂的血清學分類成alpha, beta, gamma, delta,會感染人類的則以beta和alpha為主。其為一種RNA病毒且具有套膜,基因序列大小在27 - 32 kb之間,最常見的是229E、OC43、NL63、HKU1這四株病毒。這次武漢肺炎背後的病毒已經被WHO命名為2019-nCoV(2019新型冠狀病毒)。
補充:武漢肺炎已經被疾病管制局列為第五類法定傳染病,並且叫嚴重特殊傳染性肺炎,基本上,疾病管制局有公布相關採檢檢驗的規範,指定之實驗室外是不能做病毒培養的!
所以千萬別在懷疑的病人就給他開立Viral culture,一定要跟院內檢驗科室確認清楚!
## 最新資訊請關注疾病管制局的消息,別輕信社交軟件的"
聽說",否則易引起不必要的恐慌!
https://www.cdc.gov.tw/Cate…/NewsPage/EmXemht4IT-IRAPrAnyG9A
#labmed
http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
https://www.cdc.gov.tw/Category/List/AuFztf_j5e4MaYz-sjteNQ
https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov
更新 2020/01/21:Nextstrain網站上已有針對2019新型冠狀病毒的品系追蹤 https://nextstrain.org/ncov#pathogens
pcr引子 在 而引子會優先與模版黏合3⃣extension: 72℃左右進行DNA ... 的必吃
最後幾個主題把它結束其實這邊大部分是抄講義的啦就輕鬆看,會考的不出這些,順便分享幾個口訣 PCR (Polymerase Chain Reaction) M要進行PCR時需要: 1⃣當 ... ... <看更多>