「EVE Online」又有新聞
又係果隻銀河戰爭MMO上新聞,不過唔係為小小事開大片唔見幾千億,而係一件對現實有貢獻嘅事。
事源佢入面有個小遊戲叫「Project Discovery」,提供一啲問題俾玩家玩,答完會得到ISK(遊戲內貨幣)同交換所點數換限定虛寶。問題都係來自實在嘅科學研究,第一彈Human Protein Atlas就係要參加者分辨圖像入面嘅蛋白質類別,HPA玩咗15個月,超過30萬人次幫提供實驗嘅瑞典皇家理工大學獲得大量數據,項目負責人Emma Lundberg教授更將數據放上公開資料庫供全球科學家查閱,而是次研究亦寫成論文於權威雜誌「自然:生物技術」發表。
多年來grid computing利用個人電腦或高端遊戲機的剩餘資源進行科學研究之用,這一次更用上玩家的腦袋,為一些需要大量數據模糊分析的研究提供一個平台,亦令玩家在明爭暗鬥之餘為現實世界出一分力。
https://www.bit-tech.net/…/eve-onlines-project-discovery…/1/
同時也有10000部Youtube影片,追蹤數超過2,910的網紅コバにゃんチャンネル,也在其Youtube影片中提到,...
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這個計劃太偉大了,把所有細胞染色,拍完圖後一一變成3D地圖
有神快拜
【集眾人之力:最新細胞次結構地圖】
科學的發展,不是只有一些表面看起來光鮮亮麗的計畫主持人在鎂光燈下的登高一呼,或是某些新聞上聳動騙點閱率的標題,在每篇論文的背後,都有著一群研究員、碩博生、研究助理和行政人員的努力。有時這些努力導致了改寫生物課本的重大發現,有時則是在某個領域的小小突破,有些則只是依樣畫葫蘆。在這些努力之外,還有一種努力是建立資料庫,以幫助其他科學家的研究,這種努力雖然不一定能直接導致科學進步,但仍然值得嘉許。登在 2017 年五月的 Science 上,一個由瑞典最大的學術基金會 Knut and Alice Wallenberg 基金會所資助、由瑞典幾個主要學術單位和英國劍橋大學所發起的計劃,就是這樣的努力。
雖然現在各種體學(omics)因為技術的進步有顯著的發展,但是對於蛋白質在哺乳類細胞內的分佈圖,也只有小鼠幹細胞、HeLa細胞、大鼠肝細胞等較為完整,而和人類疾病研究直接相關的人類細胞,卻是殘缺不全。有感於此,這些學術單位在 2003 年開始了這個稱做人類蛋白質地圖(The Human Protein Atlas)的計劃,歷時十多年完成,其中包含了組織地圖(The Tissue Atlas)[1]、細胞地圖(The Cell Atlas)[2] 與病理學地圖(The Pathology Atlas)[3]。
為了建構完整的細胞地圖,研究者使用了高達 13,993 種抗體、22 種人類細胞株,以螢光免疫法(immunofluorescence)將細胞染色,以高解析共軛焦顯微鏡(high-resolution confocal microscopy)拍攝細胞後,輔以質譜儀得到的蛋白體學資料、轉錄體學和系統生物學資料,最後將 12,003 種蛋白質在人類細胞中的分佈精準地定位。他們將細胞內的13個主要胞器,分為 30 個構造與次級結構,在資料庫中,只消輕點滑鼠便能看到目標蛋白質在不同次級結構的分佈狀況。
這樣一個龐大的計劃,人力需求自是不在話下。尤其拍攝後的顯微照片,必須加上註解,以區分不同的胞器與細胞區域,雖然電腦可以幫助辨認,但最終還是需要人工核對。這樣一個簡單的工作,對研究者來說肯定是個極其枯燥且浪費人力的苦差事,但他們和大型多人線上(MMO)遊戲「星戰前夜(EVE online)」與 MMO 科學(MMOS)平台合作,將這樣的註解工作融入星戰前夜的劇情,使玩家在充滿成就感的科幻遊戲體驗中,同時幫助科學的進展,這種模式屬於公民科學(Citizen Science)。光是計劃上線的前六週,參與的玩家就完成了相當於這群科學家 163 年的工作量,效果令人驚奇,最終細胞地圖得以順利上線 [4]。
以往研究者在找尋蛋白質相關資料時,多使用 NCBI 資料庫 [5] 或 UniProt 資料庫 [6] 來研究細胞內的蛋白質分佈、序列等,這個計劃的完成,讓研究者又多了一個高品質的人類蛋白質資料庫可供分析。此外,野心更大的人類細胞地圖(Human Cell Atlas) 計劃,欲辨識並定位人類全身上下的細胞,於去年10月在倫敦宣佈,且讓我們拭目以待。
參考資料:
1. https://goo.gl/BCte9T
2. https://goo.gl/2EWN4Q
3. https://goo.gl/TBB2Nk
4. https://goo.gl/ng9BuV
5. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
6. http://www.uniprot.org/
影片來源:https://www.proteinatlas.org/humancell
依照 Attribution-ShareAlike 3.0 Unported (CC BY-SA 3.0) 轉載
撰文│紀威佑
審稿│李其育
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只要給予適當的獎勵與引導,這群「玩家(Player)」將會成為地表上最強,具高度奉獻與熱忱,最有執行力的族群。
CCP 在遊戲中增加了一個蛋白質組圖譜相關的小遊戲,玩家只要上去協助圖像判斷,就可以取得獎勵(同時打發時間),而 HPA 就會取得海量的資料...Win Win 的合作。
「『探索計畫』是CCP遊戲公司與人類蛋白質組圖譜項目(Human Protein Atlas project, HPA)開展的一次官方合作。這一項目主要依靠廣大玩家的廉價勞動力,幫助科學家們進行計算機難以處理的蛋白質分類工作——換句話來說,「探索計畫」應當被歸入「市民科學(citizen science)」的範疇裡面。」
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