疫情日趨嚴峻之際，媒體於昨（26)日披露「萬華地區高風險族群註記專案」，引發各界疑慮。根據媒體報導，該專案為指揮中心針對有萬華足跡的民眾，「無差別」發送的60萬封細胞簡訊，並針對這60萬門號的足跡進行分析，除要求配合電信業者找出符合指揮中心定義的「萬華高風險族群」，將人群依據活動時間和次數，詳細分析出「從業人員」、「顧客」和「接觸者」的分類，並予以健保卡註記。更離譜的是，該案的專案會議甚至裁示針對外籍人士分析「手機瀏覽網頁」紀錄，無疑是幫相關接觸史的民眾和外籍人士貼標籤。
面對媒體的詢問，指揮中心副指揮官陳宗彥於今（27）日表示，這項專案和去年國外旅遊註記相同，主要是提醒各醫療院所在民眾就醫時，醫師可以做出更好的診療判斷，也能加速應有的轉診、轉檢，是防疫中非常重要的一環，盼社會各界不要誤解。
然而，自去年疫情指揮中心剛成立時，就屢屢因為防疫作為遭質疑法源依據，指揮中心也因此成立了法制單位。無奈的是，相關防疫作為的違法爭議仍層出不窮。以監控人身自由與隱私的爭議為例，今年一月初，指揮中心動用「電子圍籬2.0」系統（原名「天網」），查獲多位居家自主管理者違規參加演唱會，當時就引發了以手機監控民眾的疑慮。
針對類似爭議，時代力量立法院黨團總召邱顯智委員先前即指出，防疫紓困特別條例第七條的「＃為防治控制疫情需要，＃得實施必要之應變處置或措施」，很容易讓指揮中心誤判情勢、誤解法律，＃做出違法違憲的應變措施。
而針對萬華地區高風險族群註記專案，邱顯智委員亦於臉書發文，對疫情指揮中心，嚴正提出三點訴求：
一、公開說明「萬華地區高風險族群註記專案」的完整內容，特別是採用的手段、對人民資訊的蒐集程度和註記的人數。
二、針對受到分析的人民，至少應予簡訊通知；對受有高風險分類註記者，以及遭分析手機瀏覽網頁之外籍人士，更應予個別通知，以使人民知悉隱私可能受有影響，並可得請求救濟。
三、未來相關防疫措施，均應徵詢指揮中心法制組意見。
時代力量認為，疫情指揮中心屢次遊走在違法、違憲邊緣的防疫措舉，傷害的不僅是台灣的民主法治，更會讓民眾失去對指揮中心的信任。時代力量嚴正呼籲指揮中心，盡速公開「萬華地區高風險族群註記專案」完整內容，以昭公信。並呼籲國家人權委員會應即可進行調查，落實保障人民基本權利不被侵害的功能。
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